Lastatempe mi malkovris ion mirindan!Multaj progresintaj eksperimentaj profesiuloj ĉirkaŭ li eĉ ne konas kelkajn tre bazajn eksperimentajn scipoentojn.

Ekzemple, ĉu vi povas respondi la sekvajn demandojn?

Ĉu estas diferenco inter OD260 kaj A260?Kion signifas ĉiu?
OD estas la mallongigo de optika denseco (optika denseco), A estas la mallongigo de absorbo (absorbance), la du konceptoj estas fakte la samaj, "optika denseco" estas "absorbance", sed "optika denseco" estas en linio kun la plej multaj naciaj normoj kaj pli normigita.

Kutime ni mezuras la OD-valoron je 260nm por kalkuli la nuklean acidan koncentriĝon, do kion reprezentas 1OD?
Nuklea acido havas maksimuman absorban pinton je ondolongo de 260nm, kiu enhavas kaj DNA kaj RNA, same kiel fragmentajn nukleacidajn fragmentojn (ĉi tio estas la ŝlosila punkto).
La OD-valoro mezurita je ondolongo de 260 nm estis registrita kiel OD260.Se la specimeno estas pura, la OD260-valoro povas kalkuli la koncentriĝon de la specimeno de nuklea acido.
1 OD260 = 50 μg/ml dsDNA (du-fadena DNA)
= 37 μg/ml ssDNA (unu-fadena DNA)
=40 μg/ml RNA
= 30 μg/ml dNTPoj (oligonukleotidoj)
Ĉu ekzistas iu rilato kaj diferenco inter RT-PCR, Realtime-PCR kaj QPCR?
RT-PCR estas mallonga por Reverse Transscription PCR
Real Time PCR=qPCR, mallongigo de Quantitative Real Time PCR
Kvankam Real Time PCR (realtempa fluoreska kvanta PCR) kaj Reverse Transcription PCR (inversa transskriba PCR) ambaŭ ŝajnas esti mallongigitaj kiel RT-PCR.Sed la internacia konvencio estas: RT-PCR specife rilatas al inversa transskribo PCR.

Kio estas la ofte uzataj nt, bp kaj kb por priskribi la longon de DNA/RNA en biologio?
nt = nukleotido
bp = bazparo bazparo
kb = kilobazo

Kompreneble, vi dirus, ke multaj homoj ne zorgas pri tiuj etaj detaloj!Ĉiuj faras ĉi tion, kaj neniu demandos al vi, kio ĝi estas.Vi scias, ke ĉi tio estas nenecesa, ĉu ne?

Ne, Ne, Ne, estas tre necese scii ĉi tion!pro kio?
Ĉar vi volas afiŝi artikolon!Frato!Ĉu vi celas diplomiĝon aŭ traktas sciencajn esplorajn atingojn, vi devas fidi artikolojn por paroli!

Ekstraktado de nuklea acido devus esti la plej simpla kaj plej baza eksperimento.La kvalito de nukleaacida ekstraktado rekte determinas la rezultojn de postaj eksperimentoj.

Kvankam mi diris tion multfoje, estas ankoraŭ multaj amikoj, kiuj ne zorgas.Ĉi-foje mi decidis foriri el la artikolo!

Minimumaj Informoj por Publikigo de Kvantaj Realtempaj PCR-Eksperimentoj, nomataj MIQE, estas aro de fluoreskecaj kvantaj eksperimentgvidlinioj lanĉitaj internacie, kiu proponas minimumajn normojn por la eksperimentaj informoj necesaj por taksado de fluoreskecaj kvantaj PCR-eksperimentoj kaj publikigado de artikoloj.Per la eksperimentaj kondiĉoj kaj analizmetodoj disponigitaj fare de la eksperimentisto, la recenzistoj povas pli bone taksi la validecon de la eksperimenta skemo de la esploristo.

Videblas, ke en la sekcio de nukleacida eltiro, la sekvaj detektaĵoj estis proponitaj,

"E" indikas informojn kiuj devas esti disponigitaj kaj "D" indikas informojn kiuj devus esti disponigitaj se necese.

La formo estas tre komplika, fakte, mi volas diri, ke ĉiuj devas komenci de

pureco (D), rendimento (D), integreco (E) kaj konsistenco (E) por taksi nukleajn acidojn en ĉi tiuj kvar aspektoj.

Laŭ eksperimentaj kutimoj, unue parolu pri la taksaj metodoj de pureco kaj koncentriĝo.

OD-mezurado estas la plej ŝatata kaj plej facila detekta metodo por eksperimentantoj.Pri la principo, mi ne eniros detalojn ĉi tie.Multaj laboratorioj nun uzas ultra-mikro-spektrofotometrojn por rekte kvante analizi nukleajn acidprovaĵojn.Montrante la absorban valoron, la programo rekte donas la koncentriĝvaloron (nukleacido, proteino kaj fluoreska tinkturo) kaj rilatajn proporciojn.Koncerne la analizon de la OD-valoro, Konservu ĉi tiun bildon kaj vi estos bone.

Universala OD-valora sollisto

Tamen, estas kelkaj avertoj, kiuj devas esti eligitaj aparte por vi.

(Fin ĉio, mi scias, ke vi devas esti tiuj, kiuj ŝparas kaj atendas ĝis vi bezonos ilin!)

Noto 1 Ekipaĵo

La OD-valoro estos tuŝita de malsamaj ekipaĵoj.Tiel longe kiel la OD260 estas ene de certa intervalo, la valoroj de OD230 kaj OD280 estas signifaj.Ekzemple, la sorba gamo de la komuna Eppendorf D30 je 260nm estas 0~3A, kaj la NanoDrop One de Thermo estas je 260nm.La sorba gamo de 0.5 ~ 62.5A.

Noto 2Dilua reaktivo

La OD-valoro povas esti trafita per la diluo de malsamaj reakciiloj.Ekzemple, la OD260/280 legado de purigita RNA en pH7.5 10mM Trisbufro estas inter 1.9-2.1, dum enneŭtrala akva solvaĵola proporcio estos pli malalta, eble nur 1,8-2,0, sed tio ne signifas, ke la kvalito de RNA ŝanĝas Diferencon.

Noto 3Restaj substancoj

La ekzisto de restaj substancoj influos la precizecon de mezurado de koncentriĝo de nuklea acido, do necesas eviti proteinajn, fenolojn, polisakaridojn kaj polifenol-restaĵojn en nukleaj acidaj specimenoj kiel eble plej multe.

Tamen, fakte, eltiro per organikaj reakciiloj estas malnova metodo.En komercaj ilaroj, la eltira efiko povas esti atingita per silic-bazita adsorba kolumno kombinita kun centrifugado, evitante toksajn kaj malutilajn organikajn reakciulojn, kiuj malfacilas forigi, ktp. La problemo, kiel ekzempleLa eltira ilaro de nuklea acido de Foregene, ne uzas DNase/RNazon kaj toksajn organikajn reakcilojn dum la operacio, rapida kaj sekura., kaj laefiko estasbona(hazarde diris, ke ĝi estas kalva, sed mi scias, ke vi volas scii).

Ekzemplo 1: Genomic DNA-ekstraktado-rendimento kaj pureco

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) traktas grundajn specimenojn de diversaj fontoj, kaj la kvanto kaj pureco de genoma DNA akirita estas montritaj en la sekva tabelo:
Ekzemplo 2: Tissu RNA-eltira rendimento kaj pureco

Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) prilaboris diversajn histoprovaĵojn, kaj la kvanto kaj pureco de RNA akirita estas montritaj en la tabelo malsupre (por mushisto):
Tamen, ne pensu, ke vi finis kun la OD-valoro.Ĉu vi zorgas pri la ŝlosilaj punktoj, kiujn mi desegnis por vi en la fronto?

Rimarku

Fragmentitaj nukleacidaj molekuloj ankaŭ estos kalkulitaj en la absorbo.Supozante, ke vi havas genomajn DNA-restaĵojn en la RNA, via OD-valoro ŝajnos esti tre alta, sed la fakta koncentriĝo de RNA ne povas esti determinita.Ĉu via RNA estas Ne estas klare, ĉu estas degenero, do ni ankoraŭ bezonas ampleksan taksadmetodon por doni pli precizan juĝon, tio estas, la taksado de integreco de nuklea acido menciita en MIQE.