• facebook
  • linkedin
  • youtube

Apero de SARS-CoV-2 B.1.1.7 Genlinio

Usono, la 29-an de decembro 2020la 12-an de januaro 2021

Somero E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

La 15-an de januaro 2021, ĉi tiu raporto estis afiŝita kiel MMWRFrua Eldono en la retejo de MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

La 14-an de decembro 2020, Britio raportisVariaĵo de zorgo SARS-CoV-2 (VOC), genlinio B.1.1.7,ankaŭ referite kiel VOC 202012/01 aŭ 20I/501Y.V1.* LaB.1.1.7-variaĵo estas taksita esti aperinta en septembro2020 kaj rapide fariĝis la domina cirkulantaVariaĵo de SARS-CoV-2 en Anglio (1).B.1.1.7 estisdetektita en pli ol 30 landoj, inkluzive de Usono.Kielde la 13-a de januaro 2021, proksimume 76 kazoj de B.1.1.7 havasestis detektita en 12 usonaj ŝtatoj.Multoblaj linioj de indicoindiku ke B.1.1.7 estas pli efike transdonita ol estasaliaj SARS-CoV-2-variaĵoj (13).La modela trajektorio deĉi tiu varianto en Usono elmontras rapidan kreskon komence de 2021,iĝante la superrega varianto en marto.PliigitaTransdono de SARS-CoV-2 povus minaci streĉitan sanservonrimedoj, postulas plilongigitan kaj pli rigoran efektivigonde publikaj sanaj strategioj (4), kaj pliigi la procenton depopulacia imuneco necesa por pandemia kontrolo.Prenantemezuroj por redukti dissendon nun povas malpliigi la potencialonefiko de B.1.1.7 kaj permesi kritikan tempon por pliigi vakcinontion kovrado.Kolektive, plifortigita genoma gvatadokombinita kun daŭra observo kun efika publikosaniniciatoj, inkluzive de vakcinado, fizika distanciĝo,uzo de maskoj, manhigieno, kaj izolado kaj kvaranteno, volosestu esenca por limigi la disvastiĝon de SARS-CoV-2, la virusokiu kaŭzas koronavirusan malsanon 2019 (COVID-19).Strategiatestado de personoj sen simptomoj sed kun pli alta risko deinfekto, kiel tiuj eksponitaj al SARS-CoV-2 aŭ kiuj havasofta neevitebla kontakto kun la publiko, provizas alianŝanco limigi daŭrantan disvastiĝon.

Tutmonda genoma gvatado kaj rapida malfermfonta ŝaring de virusgenarsekvencoj faciligis preskaŭ realtempedetekto, komparo kaj spurado de evoluanta SARS-CoV-2variantoj kiuj povas informi publikajn sanajn klopodojn por kontroli lapandemia.Dum kelkaj mutacioj en la virusgenaroekaperi kaj poste retiriĝi, aliaj povus doni selekteman avancontage al la varianto, inkluzive de plifortigita transsendebleco, tiel ketia varianto povas rapide superregi aliajn cirkulantajn variantojn.

Frue en la pandemio, variantoj de SARS-CoV-2 enhavantajla D614G-mutacio en la pikilo (S) proteino kiu pliiĝasricevilo liga avideco rapide iĝis domina en multajgeografiaj regionoj (5,6).En malfrua aŭtuno 2020, pluraj landoj raportis detektiVariaĵoj de SARS-CoV-2, kiuj disvastiĝas pli efike.Kromeal la varianto B.1.1.7, rimarkindaj variantoj inkluzivas la B.1.351genlinio unue detektita en Sudafriko kaj la lastatempe identigitaB.1.1.28 subklado (renomitaP.1) detektita ĉe kvar vojaĝantojel Brazilo dum rutina rastrumo ĉe la Haneda (Tokio)flughaveno.§ Tiuj variaĵoj portas konstelacion de genetika mutacioj, inkluzive en la S-proteina receptor-liga domajno,kiu estas esenca por ligado al la gastiga ĉelo angiotensino-konvertanta enzimo-2 (ACE-2) receptoron por faciligi virusoneniro.Indico sugestas ke aliaj mutacioj troviĝis en ĉi tiujvariantoj povus doni ne nur pliigitan transmisibles sedpovus ankaŭ influi la agadon de iu diagnoza realtempainversa transskribopolimeraza ĉena reago (RT-PCR)provojkaj redukti malsaniĝemecon al neŭtraligaj antikorpoj(2,3,510).Lastatempa kazraporto dokumentis la unuan kazon deSARS-CoV-2 reinfekto en Brazilo kun SARS-CoV-2 variantokiu enhavis la E484K-mutacion,** kiu estis montritaredukti neŭtraligon per konvaleskaj seroj kaj unuklonajantikorpoj (9,10).

Ĉi tiu raporto fokusiĝas al la apero de la varianto B.1.1.7en Usono.Ekde la 12-a de januaro 2021, nek laB.1.351 nek la P.1-variaĵoj estis detektitaj en laUsono.Por informoj pri emerĝanta SARS-CoV-2variaĵoj de zorgo, CDC konservas retpaĝon dediĉitan alprovizante informojn pri emerĝantaj variantoj de SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 genlinio (20I/501Y.V1)

La B.1.1.7-variaĵo portas mutacion en la S-proteino(N501Y) kiu influas la formo de receptor-ligadodomajno.Tiu variaĵo havas 13 aliajn B.1.1.7 genlinio-difinajn mutaciojn (Tabelo), pluraj el kiuj estas en la S-proteino,inkluzive de forigo ĉe pozicioj 69 kaj 70 (del6970) tioevoluis spontane en aliaj SARS-CoV-2-variaĵoj kaj estashipotezita por pliigi transmisibles (2,7).La forigoĉe pozicioj 69 kaj 70 kaŭzas S-genan celfiaskon (SGTF)en almenaŭ unu RT-PCRbazita diagnoza analizo (t.e., kun laThermoFisher Taq Path COVID-19-analizo, la B.1.1.7 varioformiko kaj aliaj variantoj kun la del6970 produktas negativonrezulto por S-gena celo kaj pozitiva rezulto por la aliaj duceloj);SGTF funkciis kiel prokurilo en Britiopor identigi B.1.1.7 kazojn (1).Multoblaj pruvlinioj indikas ke B.1.1.7 estas pliefike transdonita kompare kun aliaj SARS-CoV-2variantoj cirkulantaj en Britio.UK-regionoj kunpli alta proporcio de B.1.1.7-sekvencoj havis pli rapidan epidemionkresko ol faris aliaj areoj, diagnozoj kun SGTF pliiĝispli rapide ol ne-SGTF-diagnozoj en la samaj areoj, kaj apli alta proporcio de kontaktoj estis infektita de indeksaj pacientojkun B.1.1.7 infektoj ol de indeksaj pacientoj infektitaj kunaliaj variantoj (1,3).Varianto B.1.1.7 havas la potencialon pliigi la usonan patondemia trajektorio en la venontaj monatoj.Por ilustri ĉi tiun efikon,simpla, du-varia kupea modelo estis evoluigita.La nuna usona tropezo de B.1.1.7 inter ĉiuj cirkulantajvirusoj estas nekonataj sed supozeble estas <0.5% surbaze de lalimigita nombro da kazoj detektitaj kaj SGTF-datumoj (8).Porla modelo, komencaj supozoj inkludis B.1.1.7-prevalonde 0.5% inter ĉiuj infektoj, imuneco kontraŭ SARS-CoV-2antaŭa infekto de 10%30%, tempovaria reproduktulonombro (R t ) de 1.1 (mildigita sed kreskanta dissendo)aŭ 0.9 (malkreskanta dissendo) por nunaj variaĵoj, kaj estas raportita incidenco de 60 kazoj per 100,000 personoj je tago surJanuaro 1, 2021. Ĉi tiuj supozoj ne precize reprezentasiu unuopa usona loko, sed prefere, indikas ĝeneraligo dekondiĉoj komunaj tra la lando.La ŝanĝo en R t supertempo rezultanta de akirita imuneco kaj kreskanta prevalence de B.1.1.7, estis modeligita, kun la B.1.1.7 R t supozitaesti konstanta 1,5 fojojn la R t de aktualaj variantoj, surbaze dekomencaj taksoj el Britio (1,3).Poste, la ebla efiko de vakcinado estis modeligitasupozante ke 1 miliono da vakcinaj dozoj estis administritaj potago komencanta la 1-an de januaro 2021, kaj tiu 95% imunecoestis atingita 14 tagojn post ricevo de 2 dozoj.Specife,imuneco kontraŭ infekto kun aŭ nunaj variantoj aŭ laB.1.1.7 varianto estis supozita, kvankam la efikeco kajdaŭro de protekto kontraŭ infekto restas necerta,ĉar tiuj ne estis la primara finpunkto de klinikaj provojpor komencaj vakcinoj.En ĉi tiu modelo, B.1.1.7 tropezo estas komence malalta, tamen ĉarĝi estas pli transdonebla ol nunaj variantoj, ĝi elmontrasrapida kresko komence de 2021, iĝante la superrega varioformiko en marto (Figuro 1).Ĉu transdono de fluovariantoj pliiĝas (komenca R t = 1,1) aŭ malrapide malpliiĝas(komenca R t = 0.9) en januaro, B.1.1.7 kondukas grandan ŝanĝonen la transdono trajektorio kaj nova fazo de eksponencialokresko.Kun vakcinado kiu protektas kontraŭ infekto, lafruaj epidemiaj trajektorioj ne ŝanĝiĝas kaj B.1.1.7 disvastiĝasankoraŭ okazas (Figuro 2).Tamen, post B.1.1.7 fariĝas ladomina varianto, ĝia dissendo estis konsiderinde reduktita.La efiko de vakcinado sur reduktado de transdono en la proksimatermino estis plej granda en la scenaro en kiu dissendo estisjam malkreskanta (komenca R t = 0,9) (Figuro 2).Fruaj klopodoj tiopovas limigi la disvastiĝon de la varianto B.1.1.7, kiel universala kajpliigita observo al popolsanaj mildigaj strategioj,permesos pli da tempo por daŭra vakcinado atingi pli altanpopol-nivela imuneco.

Diskuto

Nuntempe, ekzistas neniu konata diferenco en klinikaj rezultojasociita kun la priskribitaj variantoj de SARS-CoV-2;tamen,pli alta transdono kondukos al pli da kazoj, pliiĝantajla nombro da homoj entute, kiuj bezonas klinikan prizorgon, pligravigasbatante la ŝarĝon sur jam streĉita sansistemo,kaj rezultigante pli da mortoj.Daŭra genoma gvatadoidentigi B.1.1.7 kazoj, same kiel la apero de aliajvariantoj de zorgo en Usono, estas grava por laRespondo pri publika sano COVID-19.Dum la SGTF rezultaspovas helpi identigi eblajn B.1.1.7-kazojn kiuj povas esti konfirmitajper sekvencado, identigante prioritatvariaĵojn kiuj ne elmontrasSGTF dependas ekskluzive de sekvenc-bazita gvatado.

 

 

 

Varia nomo

Unua identigo  

Karakterizaj mutacioj

(proteino: mutacio)

No. de nunaj sekvenco-konfirmitaj kazoj N-ro de

landoj kun

sekvencoj

Loko Dato Usono Tutmonde  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Unuiĝinta Reĝlando septembro 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Sudafriko oktobro 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazilo kaj Japanio Jan 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Mallongigoj: del = forigo;E = koverta proteino;N = nukleokapsidproteino;ORF = malferma legokadro;S = pika proteino.

La sperto en Britio kaj la modeloj B.1.1.7prezentita en ĉi tiu raporto ilustras la efikon pli kontaĝavarianto povas havi sur la nombro da kazoj en populacio.Lapliigita transdono de ĉi tiu varianto postulas eĉ plirigora kombinita efektivigo de vakcinado kaj mildigomezuroj (ekz., distancigo, maskado, kaj manhigieno)kontroli la disvastiĝon de SARS-CoV-2.Ĉi tiuj mezuroj estospli efikaj se ili estas starigitaj pli frue ol postepor malrapidigi la komencan disvastiĝon de la varianto B.1.1.7.Klopodoj alprepari la sansistemon por pliaj ŝprucoj en kazoj estasgarantiita.Pliigita transsendebleco ankaŭ signifas ke pli altaol antaŭvidita vakcina kovrado devas esti atingitaatingi la saman nivelon de malsano-kontrolo por protekti la publikonkompare kun malpli transdoneblaj variantoj.Kunlabore kun akademia, industrio, ŝtata, teritoria,tribaj, kaj lokaj partneroj, CDC kaj aliaj federaciaj agentejojkunordigas kaj plibonigas genoman gvatadon kajklopodoj pri karakterizado de virusoj tra Usono.Kontrol-Centro pri Malsanokunordigas usonajn sekvencaj klopodoj per SARS-CoV-2Sekvencado por Publika Sana Krizo-Respondo,Epidemiologio, kaj Gvatado (SFEROJ)§§konsorcio,kiu inkluzivas ĉirkaŭ 170 partoprenantajn instituciojn kaj antaŭenigas malferman datumdividon por faciligi la uzon de SARS-CoV-2.sinsekvaj datumoj.Por spuri SARS-CoV-2 virusan evoluon, CDC estasefektivigante multfacetan genoman gvatadon por komprenila epidemiologiaj, imunologiaj, kaj evoluaj procezojkiuj formas virusfilogeniojn (filodinamiko);gvidi ekaperonesploroj;kaj havigi la detekto kaj karakterizadotion de eblaj reinfektoj, vakcin-sukcesaj kazoj, kajemerĝantaj virusvariaĵoj.En novembro 2020, CDC establisla Nacia Programo pri Kontrolado de Strainoj (NS3) de SARS-CoV-2plibonigi la reprezentadon de hejma SARS-CoV-2sekvencoj.La programo kunlaboras kun 64 usona publikosanlaboratorioj por subteni genoman gvatsistemon;NS3 ankaŭ konstruas kolekton de SARS-CoV-2-specimenoj and sekvencoj por subteni publika sano respondo kaj sciencaesploro por taksi la efikon de koncernaj mutacioj surekzistantaj rekomenditaj medicinaj kontraŭrimedoj.CDC havasankaŭ kontraktiĝis kun pluraj grandaj komercaj klinikaj laborojStories por rapide sekvencon de dekmiloj da SARS-CoV-2pozitivaj specimenoj ĉiumonate kaj financis sep akademiulojninstitucioj por fari genoman gvatadon en partnerecokun publikaj sanaj agentejoj, tiel aldonante konsiderinde alla havebleco de ĝustatempaj genomaj gvatdatenoj de transUsono.Krom ĉi tiuj naciaj iniciatoj,multaj ŝtataj kaj lokaj instancoj pri publika sano sekvencas

FIGURO 1. Simulitaj kaz-incidencaj trajektorioj* de nunaj SARS-CoV-2-variaĵoj kaj la B.1.1.7-variaĵo,supozante neniun komunuma vakcinadokaj aŭ komenca R t = 1.1 (A) aŭ komenca R t = 0.9 (B) por nunaj variaĵojUsono, januaroAprilo 2021

 

figuro 1
figuro 2
mallongigoj
figuro 1

SARS-CoV-2 por pli bone kompreni lokan epidemiologion kajsubteni popolsanan respondon al la pandemio.La trovoj en ĉi tiu raporto estas submetataj al almenaŭ tri limojtacioj.Unue, la grando de la pliigo en transmissibility en Usono kompare kun tiu observita en laUnuiĝinta Reĝlando restas neklara.Due, la tropezo deB.1.1.7 en Usono ankaŭ estas nekonata nuntempe, seddetekto de variantoj kaj takso de tropezo pliboniĝoskun plifortigitaj usonaj gvatklopodoj.Fine, loka mitigation mezuroj ankaŭ estas tre variaj, kondukante al vario enR t .La specifaj rezultoj prezentitaj ĉi tie baziĝas sur simulation kaj supozis neniun ŝanĝon en mildigoj post la 1-a de januaro.La pliigita transsendebleco de la B.1.1.7 varianta militorabas rigora efektivigo de publika sano strategioj alredukti transdonon kaj malpliigi la eblan efikon de B.1.1.7,aĉetante kritikan tempon por pliigi vakcinan kovradon.CDC'Smodeligaj datumoj montras ke universala uzo de kaj pliigita compliance kun mildigaj mezuroj kaj vakcinado estas decidaj alredukti la nombron da novaj kazoj kaj mortoj konsiderinde en lavenontaj monatoj.Plue, strategia testado de personoj sensimptomoj de COVID-19, sed kiuj havas pli grandan riskon porinfekto kun SARS-CoV-2, donas alian ŝanconlimigi daŭrantan disvastiĝon.Kolektive, plifortigita genoma gvatadolanco kombinita kun pliigita observo al publika sanomildigaj strategioj, inkluzive de vakcinado, fizika distancoing, uzo de maskoj, manhigieno, kaj izolado kaj kvaranteno,estos esenca por limigi la disvastiĝon de SARS-CoV-2 kajprotektante publikan sanon.

Dankon

Membroj de la Sekvencado por Publika Sano-KrizoRespondo, Epidemiologio kaj Gvatado konsorcio;ŝtata kaj lokaLaboratorioj pri publika sano;Asocio de Laboratorioj pri Publika Sano;CDC COVID-19 Responda Teamo;Branĉo pri Spiraj Virusoj,Dividado de Virusaj Malsanoj, CDC.Committee of Medical Journal Editors formularo por malkaŝo de potencialokonfliktoj de intereso.Neniuj eblaj konfliktoj de intereso estis malkaŝitaj.

Referencoj

1. Publika Sano Anglio.Esploro de nova SARS-CoV-2-variaĵo: varianto de zorgo 202012/01, teknika informkunveno 3. Londono, Unuiĝinta Reĝlando: Publika Sano Anglio;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Ripeta apero kaj transdono de pikila forigo de SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Prepreso afiŝita interrete la 14-an de januaro 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Transdono de SARS-CoV-2 genlinio B.1.1.7 en Anglio: komprenoj de ligado de epidemiologiaj kaj genetikaj datenoj.medRxiv [Prepresaĵo afiŝita interrete la 4-an de januaro 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;CDC COVID-19 Responda Teamo.Resumo de gvidado por strategioj pri publika sano por trakti altajn nivelojn de komunuma dissendo de SARS-CoV-2 kaj rilataj mortoj, decembro 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmw9e2mm.
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;Konsorcio COG-UK.Taksante la efikojn de SARS-CoV-2-spikmutacio D614G sur transmisebleco kaj patogeneco.Ĉelo 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Spurado de ŝanĝoj en SARS-CoV-2-pikilo: indico ke D614G pliigas infektecon de la COVID-19-viruso.Ĉelo
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Naturaj forigoj en la SARS-CoV-2-pika glikoproteino pelas antikorpan eskapon.bioRxiv [Prepresaĵo afiŝita interrete la 19-an de novembro 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Vaŝingtono NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S-genaj ĉesaj ŝablonoj en SARS-CoV-2-testoj sugestas disvastiĝon de la mutacio H69del/V70del en Usono.medRxiv [Prepresaĵo afiŝita interretan la 30-an de decembro 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Eskapu de neŭtraligantaj antikorpoj per variaĵoj de pikaj proteinoj de SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Ampleksa mapado de mutacioj al la receptor-liganta domajno de SARS-CoV-2 kiuj influas rekonon de policlonaj homaj serumantikorpoj.bioRxiv [Prepresaĵo afiŝita interrete la 4-an de januaro 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Afiŝtempo: Feb-11-2021